国家民间组织管理局下设九个处（室），主要职能如下：

办公室：负责局业务工作的综合协调、工作规划、计划的起草、公文流程、档案管理等有关行政管理工作；负责局务会、局长办公会的服务和各项决定的落实督办工作；负责民间组织管理信息化工作，承担局内党群工作和自身建设。

政策法规处：负责民间组织管理工作综合材料的起草工作，负责局综合调查研究工作，承担有关政策法规的起草工作；负责民间组织宣传工作。

登记处：根据管理权限，负责在民政部登记的民间组织（社会团体、基金会、民办非企业单位）的成立、变更、注销等登记工作。

社团管理一处：负责行业协会等经济类社团相关政策、规章和方针的拟定，负责日常管理和监督工作，开展年度检查。

社团管理二处：负责社会类社团相关政策、规章和方针的拟定，负责日常管理和监督工作，开展年度检查。

基金会管理处：负责基金会相关政策、规章和方针的拟定，负责日常管理和监督工作，开展年度检查。

民办非企业单位管理处：负责民办非企业单位相关政策、规章和方针的拟定，负责日常管理和监督工作，开展年度检查。

涉外民间组织管理办公室：负责涉外民间组织及其分支（代表）机构的成立、变更、注销等登记工作；负责涉外民间组织管理相关政策、规章和方针的拟定，负责日常管理和监督监察工作，开展年度检查。

执法监察办公室：负责受理对民间组织的投诉和举报，依法对民间组织的违法、违规活动进行调查、取证和行政处罚；依法查处和取缔未经登记且以民间组织名义进行活动的非法组织；负责牵头和协调重大、疑难案件的调查处理。

民政部民间组织服务中心下设四个处（室），主要职能如下：

综合处：协调本单位各部门工作，起草工作计划、综合性材料；文件收发、公文核稿；负责全国性民间组织验资、财务审计、登记公告和刻制印章；负责民间组织的人才交流等工作。

登记服务处：承担全国性民间组织年检服务、证书制发、票据发放备案、代码赋予、有关信息录入等工作。

管理服务处：协调指导地方民间组织管理部门查处非法民间组织；受理有关全国性民间组织违法、违规行为的举报，对违法、违规民间组织实施行政处罚。

培训宣传处：负责全国民间组织登记管理机关工作人员、业务主管单位有关工作人员和民间组织负责人的培训；负责培训教材和民间组织管理工作有关书籍资料的编纂。