中科院研究生教育基金会由中国科学院研究生院发起。中国科学院研究生院成立于1978年，是经党中央国务院批准创办的第一所研究生院，培养了新中国第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士。目前，中国科学院研究生院由北京的玉泉路园区、中关村园区、奥运村园区和在建的雁栖湖园区等4个教学园区，以及分布在全国的117个研究生培养单位（中国科学院研究所）组成，在读研究生超过3.5万名，其中博士生超过一半，已成为全国规模最大、质量优良的研究生培养机构。截至2009年底，中国科学院研究生院已经累计培养了8万余名研究生，其中许多人已经成为国家科技、教育、经济、国防等重要领域的领军人物和中坚力量。据对1978级及以后的毕业生统计，迄今已有42名毕业研究生当选两院院士。
中科院研究生教育基金会于2009年11月在民政部正式登记，注册原始基金数额为人民币1亿元。其主要职责是接受和管理社会各界为中国科学院研究生院的各类捐赠，致力于加强中国科学院研究生院与国内外各界的联系和合作，促进中国科学院研究生教育事业的创新发展，进而推动我国研究生教育事业创新发展。
中科院研究生教育基金会分别设立有全院性基金和研究所基金，中国科学院各研究生培养单位（中国科学院研究所）可以通过或委托中科院研究生教育基金会接受和管理相关领域的捐赠。
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