为提高社会公众的生态保护意识，动员全社会关心、支持、参与生态保护，在上海市以及浦东新区有关部门、热心环境保护事业的企业、社会公众的大力支持和参与下，上海市九段沙湿地自然保护基金会于2005年3月17日正式成立。该基金会是国内湿地保护领域第一家公募基金会，由上海市社会团体管理局登记管理，由上海市环境保护局业务主管，日常运作由浦东新区环境保护和市容卫生管理局具体负责。

基金会衷心希望与国内外热心于湿地保护事业的组织、团体、企业和个人建立友好联系，相互支持与合作，共同致力于保护“地球之肾”----湿地。同时，积极开展基金会各项工作，加大宣传力度，提高基金会的知名度和公信力，鼓励境内外自然人、法人和其他组织向基金会捐赠征集工作，多渠道募集基金，促进九段沙湿地自然保护工作，努力把九段沙湿地自然保护区建设成为兼有保护、科研、教育和旅游为一体的具有一流水平的国家级自然保护区。