作为中国医学科学院/北京协和医学院的直属机构，教育基金会在院校和基金会理事会的领导下，致力于同国内外各界支持医学教育的机构、个人和协和各届学子联系与合作，热情接受国内外企业、社会团体和个人的自愿捐赠，支持北京协和医学院在医学教育，科研和临床服务领域培育精英，服务民生。对特定项目捐赠，可以按照捐赠者的意愿定向使用。

基金会按照“将北京协和医学院建设成为国内一流，国际知名的以精英教育为特色的研究型医学院校”的战略发展目标，秉承“严谨、博精、创新、奉献”的校训精神，在健全内部组织机构、规范管理的基础上，积极探讨、稳步运作，逐步摸索出适合院校体制的自身发展方式，为支持北京医学院医教研领域的发展做出贡献。