故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满１０岁，住在马沙拉城中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小魔怪使用执照，并从小戍怪学家奥基特博士手中领取一只小魔怪。 小智为了要成为一流的小魔怪指导员，而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步。好不容易从博士那里领来没有要的"皮卡丘"，谁知"皮卡丘"却难以照料又特别固执。就在前往下一站特基瓦城的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小魔怪突袭，危在旦夕……成功是必须靠团队的努力与默契……就这样，小智与皮卡丘就此展开他们艰辛的冒险旅程……