13世纪初，北方新兴的蒙古族日益强盛。南宋理宗宝庆三年（1227年），成吉思汗在攻打西夏的同时，蒙古军南渡黄河攻占积石州西宁州，青海东部成为蒙古汗国的势力范围。元朝结束了吐蕃王朝崩溃以来青藏高原长期分裂割据的局面，使包括青海藏区在内的广大藏区在政治上首次统一于中央王朝，元朝不断加强对吐蕃地区的管理，推行“因其俗而柔其人”的民族政策，扶植和利用佛教为其统治服务，使佛教在青海地区得到迅速发展。

    明清 明洪武五年（1372年），改西宁州为西宁卫，下辖六千户所，以后又设“塞外四卫”：安定，阿端，曲先，罕东。孝宗弘治元年（1488年），设西宁兵备道，直接管理蒙藏各部和西宁近地，“塞外四卫”由西宁卫遥控。明初在青海东部用的土汉官参设制度几经演变，逐渐成为土司制度在青南、川西设有朵甘行都指挥使司，下辖宣卫司、招讨司、万户府、千户府、千户所，又在青海黄南、海南一带设必里卫，答司麻万户府等。

    16世纪初，厄鲁特蒙古四部之一的和硕特部移牧青海，清雍正初年，罗卜藏丹津反清失败后，清朝政府进一步加强了对青海地区的统治和开发，在青海设置办事大臣，统辖蒙古29旗和青南玉树等土司政务。青海东北部设西宁府，仍沿袭明朝的土司制度属甘肃省管辖。

    民国 民国初，北京政府改革清代建制，任命青海省军政长官，对原清朝册封的青海蒙古王公藏族千百户再次实行分封，使青海全境归附中华民国。民国四年（1915年），原西宁镇总兵马麒被任为青海蒙番宣慰使兼甘、边宁海镇守使，集青海军政大权于一身，从此开始了马氏军阀统治青海长达37年的历史。1929年青海省正式建立。

    民国时青海国民经济以农牧业为主体，农业区的土地占有制度是封建地主占有制。地主凭借土地占有权，通过租佃关系对农民实行地租剥削。牧业区的土地、制度基本上是封建领主、寺院占有制、牧主、头人通过劳役地租等形式剥削农民。