自治州地势南高北低，南部泽库、河南两县属于青南牧区，海拔在3500米以上，气候高寒，是自治州发展畜牧业的主要基地；北部为尖扎、同仁两县，海拔在1900-4118米之间，特别是黄河滨地和隆务河谷地气候温暖，水源充足，土壤疏松肥沃，有着发展种植业的良好条件。

    南牧北农，农牧兼作，资源比较优势明显是自治州突出的特点。全州可利用草原面积2454.6万亩，全州耕地面积30.22万亩。主要畜种有牦牛、藏系绵羊、河曲马、山羊等；主要农作物有小麦、青稞、油菜、蚕豆等。自治州水电资源富集，有形成流域开发带的良好条件。境内有大小河流60余条，境内纵贯南北的隆务河全长144公里，理论水电蕴藏量22.05万千瓦，可建15座梯级水电站(已建6座)；黄河流经自治州南北边缘，北段长约70公里，理论水能蕴藏量241.2万千瓦，可建3座大中型电站(李家峡电站已建成、直岗拉卡和康扬电站以进入了建设阶段)，南段长约90公里，可开发水能83万千瓦。主要矿产资源有金、银、铜、铅、锌、锑、砷等25种，已建有同仁双朋西金矿。野生动物主要有藏羚羊、白唇鹿、麝、水獭、雪鸡等；野生药用植物主要有冬虫夏草、大黄、雪莲、马勃等，利于本地药用植物由州东格尔藏药厂开发生产的帕朱胶囊、三十一味松石丸等药品在省内外享有盛名。自治州旅游资源丰富，文化品位高，是青海省重点旅游胜地之一，主要自然和人文景观有：尖扎县坎布拉国家级森林公园、李家峡电站大坝和库区风光、闻名遐尔的同仁历史文化名城、热贡艺术和收入大世界基尼斯纪录的大型卷轴画《中国藏族文化艺术彩绘大观》、藏传佛教寺院隆务寺、南宗尼姑寺、麦秀原始森林风光、泽库和日石经墙、河南圣湖仙女洞及青南草原风光等。