故事发生在三十年后的东京，在那个被称为旧都的已经荒废了的地方，发生了一系列奇怪的犯罪事件，这些事件被知情人称为“幻梦事件”，而频繁发生“幻梦事件”的街道则成为了人们口中的“迷宫”。在这里，有一位十一岁的少年侦探向这些蠢动的恶行发起了挑战，他就是主人公日向茧树。这位聪明、天真、可爱的少年侦探和管家晴岚、女仆初实一起，通过自己不可思议的能力“神智”，来解决这一系列的奇怪事件。