《云水谣》由上世纪40年代两个台湾年轻人的邂逅开始。年轻俊朗的青年陈秋水因做家庭教师而来到王家，并与王家千金王碧云一见钟情，两人很快坠入爱河并私订终身。但适逢台湾局势动荡，作为热血青年的陈秋水为躲避迫害从台湾辗转来到大陆，自此两个相爱的恋人被无情的现实分隔两岸，唯有坚守着“等待彼此”的誓言相互思念对方。

与台湾失去联络的陈秋水，为思念母亲徐凤娘与恋人王碧云而将名字改为徐秋云。作为军医的他奔赴朝鲜战场，饱经战争与炮火的洗礼。一边怀着保卫家国的热血豪情，一边默默思念海岸对面的亲人。此时他结识了单纯可爱的战地护士王金娣，就像他与碧云一样，这个小护士第一眼就爱上了陈秋水，开始了对他执著的追求，并在战争结束后一直追随已援藏的他到了西藏当地的医院。由于海峡两岸的分隔，又几度寻找王碧云无果，……