幕府末期的日本，受到外国列强瓜分的严重威胁，由一群昏庸无能的武士统治下的国家支离破碎，民不聊生，到处兵荒马乱。
　　
　　某日，在一个偏僻的村庄，一群强盗正在肆意抢夺，滥杀无辜。绯村剑心，原名绯村心太，当时只有5，6岁，但已经父母双亡，当时他正在一群被拐卖者的队伍中，同行者中还有几位命运和他一样悲惨的姐姐，心太曾说过会尽全力保护她们，但是，弱小的当时能做到的只是眼睁睁的看着几个姐姐被残酷杀害，反而是她们临死前哀求强盗放过心太，这残酷的一幕在心太的心中留下难以抹平的伤痕。心太眼看也难逃一劫，忽然一道冰冷的剑光闪过，刹那间数命强盗已成剑下亡魂，心太面前出现一位衣着飘逸，威风凛凛的年轻剑客--飞天御剑流第15代传人比古……