在Stargate SG-1第一季度里，SG-1无意中发现了在南极洲也有一个Stargate和一些遗迹以及有关Atlantis的资料。在第六季度，他们在那里发现一位冰封住了的 Ancient。经过常年的研究，Daneil终于发现了Atlantis其实是存在于另一个星系Pegasus(天马座)，并且座标是使用8个符号而不是一般的7个符号。为了寻找 Ancient的科技，Weir博士带领了Atlantis小队前往Atlantis。他们只能做单程旅行，直到他们能在那边找到足够的能源开启Stargate连接地球。在Pegasus，他们 找到了飞行城，当地原住民(也是Ancient带来到这个星系的)以及一种以人类生命能量为食物的怪物Wraith。
2.01 "The Siege, Part 3"……