户时代，德川幕府当政。有一群人活动于黑暗中，他们叫做ヒルコ忍群。他们从黑暗中出生，在黑暗中死亡。
　 但是，传说若能将从古代传承下来的龙宝玉和光之巫女的力量结合，那么ヒルコ的人们也能沐浴到光芒。有一个人相信这一传说，逃离了ヒルコ。
　 故事就是从这里开始的。
　 同时，一伙被称为鬼门众的忍者开始盯上了被盗走的宝玉和隐居的光之巫女。这伙人是在替企图再兴丰臣家的暗公方活动。他们的目的是什么呢？在深深的谜团中，ヒルコ与鬼门众为了宝玉展开了激烈的争斗。
　 在这场争斗中，有个人因为意想不到的原因被卷了进来。他的名字叫牙神兽兵卫。持有绝技疾风之居合——镰鼬，他是个相当厉害的“雇佣忍者”。
　 虽然兽兵卫说他只是因为睡觉被吵醒了才发怒的，以后不会再参与这场争斗，但是命运却一步步地将他与宝玉和巫女联系在一起。不只是偶然还是受谁的指引，兽兵卫来到了巫女的隐居地，见到了美丽的少女巫女——时雨。这里受到鬼门众的袭击，已经被毁灭了。
　 兽兵卫和老忍者浊庵和少年忍者飞砾一起，踏上了保护被追杀的时雨的旅程。时雨从浊庵那里得知自己似乎与柳生一族有某种关系，为了探求自己出生的秘密，开始前往柳生之村。
　 前进的途中接连不断有ヒルコ忍群和鬼门众的忍者来袭，他们使出种种妖术，但是在兽兵卫的疾风之太刀前无一不被斩杀得粉碎。
　 引发激烈争斗的宝玉与光之巫女，它们真正的力量又是什么呢...？！