一四四七年，宗喀巴大师最小的弟子、后来被追溯为一世达赖喇嘛的根敦珠巴在当时的后藏大贵族的资助下开始建寺，历时十二年落成。最初寺院定名为“岗坚典培”，意为“雪域兴佛寺”，后被根敦珠巴改成如今的名字。

一六四五年，蒙古固始汗赠给该寺主持罗桑确吉坚赞“班禅博客多”的尊称，“班”为梵文“班智达”即“学者”的简称，“禅”是藏语“大”的意思，二字合起来的意思就是“大师”；格鲁派于是确认罗桑确吉坚赞为四世班禅，并追认了前三世，自此扎什伦布寺成了历代班禅喇嘛的驻锡之地，至今已至十一世。可以这样说，扎什伦布寺对班禅来说，相当于达赖喇嘛的布达拉宫。

扎什伦布寺最古老的建筑是可同时容纳两千人诵经的措钦大殿，殿前有六百平方米的讲经场，是班禅向全寺僧众讲经和僧人辩经的场所。供奉的佛像除释迦牟尼佛及其大弟子外，两边柱上还刻有建寺人根敦主与四世班禅的立像，周围有宗喀巴师徒和八十位高僧造像等。

措钦大殿西侧为强巴佛殿，供奉由九世班禅确吉尼玛主持铸造的强巴佛坐像，总高廿六米，共用黄铜廿三万斤，黄金六千七百两，仅镶嵌佛像两眉，就用了大小钻石珍珠等一千四百多颗，此乃世界上最大的铜佛坐像。

扎什伦布寺有着西藏其它寺院不曾多见的“甲纳拉康”，意为“汉佛堂”，珍藏着历代皇帝赠送班禅的瓷器玉石、金银酒盏、茶碗碟盘等诸多礼品，让人瞩目的是大清皇帝赐给班禅的一枚金印，重十六斤半，上镌汉、蒙、藏三种文字。甲纳拉康的偏殿为清朝驻藏大巨与班禅的会晤堂，挂着乾隆皇帝身穿袈裟、手端法轮的大幅画像，像下立有道光皇帝的牌位，上写有“道光皇帝万岁万岁万万岁”文字，看来清朝中央朝廷与西藏的联系时非常紧密的。

扎什伦布寺的重要之处还在于此乃历代班禅的灵塔所在地，自四世班禅之后，历代班禅均归葬于此。一至三世班禅的灵塔祀殿并未修建在扎什伦布寺，一世班禅的在甘丹寺，二、三世班禅的在恩贡寺。对扎什伦布寺作出卓越贡献的四世班禅有着颇奢华的灵塔殿堂“曲康厦”，十一米高的灵塔共耗用黄金两千七百两、白银三万三千两、铜七万八千斤、绸缎九千余尺以及各种宝石七千多颗，用了四年多时间才完工。

五世至九世班禅的灵塔殿在文革中被毁，十世班禅自一九八五年起、耗时四年主持重建了他们的合葬灵塔殿，取名叫“扎什南捷”（吉祥的天国）；塔身镏金以银皮包裹，遍镶珠宝，造型庄严，五至九世班禅的遗骨，分装在五个檀香木盒内，安放在灵塔的宝瓶里。

一九八九年一月底，十世班禅额尔德尼确吉坚赞大师在日喀则视察期间圆寂，经过多方实地勘察、论证和设计，十世班禅的灵塔殿“释颂南捷”于次年九月开工，由国家拨款六千四百万元、黄金六百一十四公斤以及诸多白银和饰品，三年后建成在历代班禅中最豪华的灵塔殿，高十一米的灵塔以金皮包裹、遍镶珠宝，中央政府是对得起这位老朋友的。

在藏传佛教中，达赖喇嘛是观音的化身，班禅是无量佛的化身，仅佛的级别来说，班禅比达赖高级，但在现实地位上，达赖喇嘛在政教两方面都高于班禅，这要归功于伟大的五世达赖喇嘛。他有如此成就，却与四世班禅有着直接的关系。四世达赖喇嘛圆寂后，由罗桑曲吉坚赞（后被追认为四世班禅）主持三大寺和格鲁派上层的事物，并负责寻访并教授达赖喇嘛的转世灵童；但西藏地方势力头领拉藏汗不让达赖喇嘛转世，罗桑确吉坚赞治好了拉藏汗的病才说服准许寻找转世灵童，五世达赖喇嘛才有了正式的出身，而罗桑确吉坚赞做了他的受戒师傅；后来又是罗桑确吉坚赞与五世达赖喇嘛商议，将蒙古势力固始汗部引入西藏，并消灭了拉藏汗。固始汗不想看见达赖喇嘛势力过大，于是给了罗桑确吉坚赞“班禅博客多”的尊称。

他的继承人罗桑益西在康熙五十二年被清庭封为“班禅额尔德尼”，此封号为梵语、藏语、满语的混合。“班”是梵语，“禅”是藏语，合起来是“大师”的意思；“额尔德尼”是满语，意为“珍宝”。罗桑益西自认为五世班禅，追认罗桑曲吉坚赞为四世班禅，自此班禅世系开始领有以日喀则为中心的后藏地方政教权力，俨然与达赖喇嘛分庭抗礼。而达赖喇嘛系统一直处于政治和宗教斗争的风头浪尖，本应在十八至二十岁亲政的达赖喇嘛往往活不到亲政的年龄，从九世到十二世的连续四任达赖喇嘛都是如此。班禅和达赖喇嘛，分管后藏和前藏，互为老师，以年长者为年幼者的受戒导师。

上世纪初的抗英斗争，是达赖喇嘛领导三大寺、班禅领导扎什伦布寺共同组建的军队，战败后十三世达赖喇嘛经青海出走蒙古，根据驻藏大臣的奏折，清政府作出“将达赖喇嘛名号暂行革去，并着班禅额尔德尼暂摄”的决定，九世班禅经过慎重思考，没敢接这付担子：“后藏为紧急之区，地方公事须人料理，且后藏距江孜仅二日程，英人出没靡常，尤宜严密防范，若分身前往前藏，恐有顾此失彼之虞”，虽然婉拒了中央政府的决定，但此事为班禅与达赖喇嘛之间的矛盾激化埋下了祸根。不久九世班禅被英国人胁往印度，因其本人不卑不亢的态度和清政府的强硬立场，英国人明白不能达到目的后，九世班禅被礼送归藏。清朝中央政府对他在印度的表现颇为满意，而对十三世达赖喇嘛的出走颇为不满。

总体来看，班禅与达赖喇嘛的两大派系间的相处还是融洽的，历史上并没有突出的矛盾，真正的矛盾出现在十三世达赖喇嘛与九世班禅之间。英军入侵数年后的宣统元年（1909），十三世达赖归藏，九世班禅从扎什伦布寺远道去那曲欢迎。与此同时川军入藏，对此达赖喇嘛不满，遂与清朝驻藏大臣发生尖锐矛盾，次年有小规模的擦枪走火事件，十三世达赖喇嘛逃往印度大吉岭，中央政府盛怒之下“革除”达赖喇嘛名号，此举在西藏引起很大的震动，直到一九一二年才由袁世凯以“大总统”的名义恢复其名号。

九世班禅在此期间，无论是与清政府还是袁世凯政府，都有着相当不错的沟通，十三世达赖喇嘛一定感觉到其中潜在的威胁。他被袁世凯恢复名号并回归藏区后，与班禅世系的关系逐渐恶化，尤其是自一九一五年起，达赖喇嘛直接在班禅的权利中心日喀则设立了职权很大的“基宗”，严重侵犯了班禅的固有地位和职权。数番沟通无果之后，九世班禅带属下秘密出走，受到北洋政府的高规格欢迎，自此他在国内流亡十四年，直到一九三七年在青海圆寂也没能再回西藏，更无缘依先例给一九四零年才认定的十四世达赖喇嘛剃度和授戒。