在哈特谢普苏特生前主持修建的最宏伟的景观——代尔拜赫里，她的雕像都被打碎，抛入女王庙前的一个大坑。女王庙被称作“至圣之所”，座落在尼罗河西岸，与现在的卢克索隔水相望，倚着山凹而建，山石呈棕黄色，把深褐色的庙宇拥在怀内，就像法老用头巾围住脸庞。庙宇共分三层，每一层都立着成排的廊柱，宽阔的露台之间由斜坡层层相连，在女王的时代里，庙前的甬道两旁还矗立着狮身人面像，丁字形的池塘里栽满了纸莎草，芬芳的没药树遮着荫凉……它无疑是史上最恢弘的建筑之一。按照当初的设计(可能出自塞内姆特之手)，此地乃是哈特谢普苏特影响力的中心。

　　她作为皇后的形象都没有受到染指，然而但凡哪里出现了她自称为王的痕迹，继子的工人们就扛着凿子循迹而来，破坏得仔细又精确。“破坏之举并不是感情用事，而是个政治决策。”波兰赴埃及考古团的团长兹比格涅夫·沙弗兰斯基说道。他率领的团队从1961年起就开始在女王庙考察。

　　19世纪末，当人们把大部已埋入土下的庙宇从废墟中清理出来的时候，人们对哈特谢普苏特的疑问变得更加明确了：她究竟是个怎样的统治者？对部分埃及古物学者来说，答案昭然若揭，他们迅速群起支持图特摩斯三世报复无耻篡权的继母之说。纽约大都会艺术博物馆埃及分馆前馆长、曾于上世纪二三十年代主持代尔拜赫里发掘工作的威廉·C ·海斯在1953年写道：“没过多久……这个虚荣自负、野心勃勃、毫无廉耻的女人就露出了她的狐狸尾巴。”

　　上世纪60年代，考古学家发现了证据，表明对哈特谢普苏特的打击报复始于她死后至少20年，这时候，那出急躁继子抱负无耻继母的历史肥皂剧就再也站不住脚了。另一种更符合逻辑的推断是，面对其他家族成员的王位之争，图特摩斯三世亟需巩固其子阿蒙霍特普二世的继承者地位。而曾经被污蔑为野心毒妇的哈特谢普苏特，如今又因其政绩而受到人们的礼赞。

　“谁也不知道她到底是什么样的人，”在海斯当初任职的部门担任保管员的凯瑟琳·勒里希说道，“她能够统治埃及20年是因为她治下有方，我相信她一定十分精明，懂得如何把人操控于指掌之间，既不用杀他们的头，又能避免给自己惹来杀身之祸。”

　　唐纳德·瑞安重新发现KV60方位之后又过了将近20年，扎西·哈瓦斯请求埃及博物馆的保管员们把所有身份不明以及可能是十八王朝皇族女性的木乃伊收集到一起，包括KV60中一胖一瘦的两具。瘦木乃伊被从博物馆的阁楼里重新搬出来；胖的那具编号为KV60a，当时还躺在墓穴中，也被人从帝王谷运来。从2006年底到2007年初的四个月里，考古学家们给木乃伊都做了CT扫描，以便检查细节，从而测定她们的死亡年龄及死因。

　　四具候选木乃伊的CT扫描结果都不足以进行判定，于是哈瓦斯又想出个主意。1881年在代尔拜赫里的大型皇家木乃伊安置点曾发现一个木盒子，上面刻着哈特谢普苏特的象形文徽匡，据说盒内装着她的肝脏。对木盒进行扫描的时候，研究人员吃惊地发现里面还有一颗牙齿。经组里的牙医鉴定，这是一颗臼齿，牙根部分缺失。开罗大学放射学教授阿什拉夫·萨利姆重新检查了四具木乃伊的颚部图像，发现KV60中胖木乃伊的上颚右侧缺了一颗牙齿。“我测量了木乃伊口中的牙根和这颗牙齿的根部，发现二者吻合。”萨利姆说。

　　然而严格来说，他们只是证明了某个盒子里的一枚牙齿与一具木乃伊相匹配而已。要想确认身份，就得以盒子标名无误、且盒内确实为女法老身体器官为前提。而这个刻着哈特谢普苏特徽匡的盒子却又不像用来盛放木乃伊化内脏的一般石刻礼葬罐，这是个木匣，没准以前是用来装珠宝化妆品的。

　　“有人会说我们还没有找到绝对可靠的证据，”萨利姆说，“而我也这么认为。”即便如此，哈瓦斯问，在皇家木乃伊安放之地发现的刻有哈特谢普苏特名字的盒子里有一枚牙齿，正好与女法老的奶妈身边所陈放那具木乃伊牙床上的缺孔相吻合，这一巧合几率又能有多大呢？而且，一颗牙齿就这样把哈特谢普苏特的徽匡与一具木乃伊联系了起来，这是多么神奇呀。“要不是制尸工匠把牙齿拿走与肝脏放在一起，我们绝对无从得知哈特谢普苏特的遭遇。”哈瓦斯说。